O stanie czystości wód rzeki Cybiny decydują zanieczyszczenia punktowe i przestrzenne docierające do niej w górnym i środkowym bieguGmina Kostrzyn podjęła działania zmierzające do poprawy jakości wody zlewni rzeki. W 2000 roku zamknięto i zrekultywowano wysypisko odpadów komunalnych w Glince Duchownej. Rekultywowany teren starano się wkomponować w otaczającą przestrzeń poprzez odpowiednie ukształtowanie bryły składowiska oraz zadrzewienie. Gmina zapewniła składowanie odpadów komunalnych na nowym międzygminnym składowisku wybudowanym w Rabowicach i intensywnie rozwija zainicjowany przez powiat poznański system selektywnej zbiórki odpadów.

We wsi Iwno wybudowano w 2001 roku oczyszczalnię ścieków o przepustowości 150 m³/dobę ograniczając w ten sposób zrzut nieczystości płynnych do rowów melioracyjnych. Trwa modernizacja oczyszczalni w Skałowie, oczyszczono i uregulowano ciek wodny Strumień.

Zrealizowane dotychczas inwestycje znacznie poprawiły jakość wód rzeki Cybiny i stały się dla pozostałych gmin regionu bodźcem do podjęcia podobnych działań.